O Protocolo Judicial é o setor responsável no TJSE para encaminhar os processos em grau de recurso para o Supremo Tribunal Federal e para o Superior Tribunal de Justiça. O custo da remessa pago pelas partes varia de acordo com a Tabela de Remessa e Retorno de Autos desses tribunais superiores. Dois fatores compõem o custo da remessa: a distância do Estado emitente e o peso do processo encaminhado.

O STJ mantém um malote que sai às quartas-feiras do TJSE. A remessa de um processo de 4kg, por exemplo, com Recurso Especial/Ordinário, dirigido ao conhecimento do STJ é taxado em R$ 75,30. Esse valor é recolhido ao erário federal e corresponde ao envio e retorno dos autos. A guia de pagamento é impressa diretamente da internet, devendo ser paga em agências do Banco do Brasil.

No caso do STF, não existe um malote periódico, fazendo com que o TJSE providencie a remessa do Recurso Extraordinário/Ordinário. Por isso, metade da respectiva taxa da tabela do STF é recolhida pelo Judiciário sergipano no Fundo Especial de Recursos e Despesas (FERD). Já a providência de retorno é tomada pelo STF. Nessa circunstância, o usuário paga metade do valor da tabela em guia de recolhimento ao FERD, no Banese, e a outra parte em guia de recolhimento à União, no Banco do Brasil. À essa última parte deve ser acrescida a quantia de R$ 96,93, referente ao valor fixado pelo STF a título de preparo.

Há ainda outra situação: às vezes os recursos são dirigidos ao STF e ao STJ simultaneamente. Nesse caso, como o STJ é o primeiro a analisar o pedido de reavaliação da sentença, paga-se o valor inteiro, segundo a tabela do Superior Tribunal, mais a metade da taxa cobrada na tabela do Supremo. Dessa maneira, o recurso chega ao STJ, segue para o STF, se reunir condições processuais para isso, e retorna ao local de origem.

As tabelas dos Supremo e do Superior Tribunal estão disponíveis no link Serviços  Cartórios Judiciais e Extrajudiciais, no site do TJSE.