O Tribunal de Justiça de Sergipe integrará dois Comitês Gestores do Conselho Nacional de Justiça (CNJ): o que trata das Tabelas Processuais Unificadas e o que cuida do planejamento e gestão estratégica do Poder Judiciário. Os Juízes Auxiliares da Presidência, Francisco Alves Jr. e Marcelo Augusto Costa Campos, foram indicados para representar o TJSE nos referidos Comitês.

O Comitê Gestor Nacional das Tabelas Processuais Unificadas foi instituído pela Portaria nº 219, de 7 de março de 2008, da Presidência do CNJ, e tem como função a administração e a gerência das tabelas previstas na Resolução nº 46 do Conselho. O objetivo é padronizar a nomenclatura e a classificação dos processos no país, viabilizando a geração de dados estatísticos uniformes e facilitando a identificação de problemas e soluções. O Comitê é presidido pelo Secretário-Geral do CNJ e composto por representantes do Supremo Tribunal Federal (STF), do Superior Tribunal de Justiça (STJ), do Tribunal Superior do Trabalho (TST), do Conselho da Justiça Federal (CJF) e de Tribunais de Justiça.

Já o Comitê Gestor Nacional do Planejamento e Gestão Estratégica do Poder Judiciário, instituído pela Portaria nº 519, de 27 de abril de 2009, também da Presidência do CNJ, tem a atribuição de auxiliar as atividades de planejamento e gestão estratégica do Poder Judiciário em função do Plano Estratégico Nacional, previsto na Resolução nº 70 do Conselho. O Comitê é integrado por cinco Tribunais de Justiça, um de cada região geográfica do país, além de representantes do STF e dos Tribunais Superiores. O Comitê é coordenado por um Conselheiro do CNJ, Presidente da Comissão de Estatística e Gestão Estratégica.